Frente a la Plaza de la Merced se encuentra la  Iglesia Nuestra Señora de la Merced, patrona de Pergamino. 

Este templo no es el construido inicialmente. La primera capilla se instaló con el primer Fuerte y estaba hecha echa de barro, paja y madera. Fue destruida en un ataque indígena en 1751. La segunda fue construida en la época colonial, a mediados del siglo XIX, pero sufrió un incendio en octubre de 1919 que destruyó gran parte del edificio. Se salvaron numerosas imágenes, entre ellas la de la Virgen de la Merced y el armonio ubicado en el altar mayor.

El 2 de diciembre de 1923, se colocó la piedra basal para la construcción del actual edificio, que fue inaugurado en 1930. Fue Ambrosio Rossi, quien con su empresa constructora tuvo a su cargo la construcción de este hermoso templo que Pergamino tiene hoy como emblema de la fe religiosa de su pueblo.

En cuanto a su estilo, presenta una conjunción de formas y técnicas eclécticas: arte romano, griego, gótico del siglo XVIII. Posee una sólida fachada de ladrillos que da pie a un conjunto arquitectónico de suma armonía y esbeltez. Su torre lateral alcanza los 45 metros de altura y la nave central, crucero y presbiterio a 20 metros de su vértice. La cruz sobre el campanario, de nueve metros de altura, se instaló el 24 de enero de 1929; sus campanas el 16 de julio de 1930 y el 30 del mismo mes se colocó el reloj, tarea a cargo de la empresa Mauthe.

Tanto la nave central como el crucero y presbiterio terminan en su parte superior con altos ventanales de artísticos vitreaux que representan importantes escenas religiosas. 

El templo tiene un acceso central y otro lateral; ambos tallados en roble con pesados herrajes. En el camarín del altar mayor, se eleva la imagen de la Patrona, Nuestra Señora de la Merced. El altar mayor, de mármol, está tallado con bajorrelieves en bronce florentino y lleva hornacinas con las imágenes del Cura de Ars y de Santa Rosa de Lima. 

En la parte posterior interna se encuentra el coro con su magnífico órgano, construido en Ludwigsburg, Alemania. Hasta allí viajó el padre Idelfonso Juan Amondarain para concretar la compra del mismo. Este fue construido específicamente respetando los planos del espacio en donde iba a ser instalado. Consta de 24 registros reales y 8 registros de ayuda o cópulas, dispuestos sobre dos teclados de 61 notas y un pedal de 30 notas, con un total de 1600 tubos. 

El 25 de octubre de 1938, llegó a Pergamino en unos 16 cajones, con nueve toneladas de peso. El órgano, bendecido el 08 de diciembre de aquel año, deja oír hasta hoy, sus armonías.

Ildefonso Juan Amondarain fue el sacerdote que estuvo a cargo de la iglesia desde 1908 hasta su muerte en el año 1951. Sus restos descansan allí. En la plazoleta contigua se erige un monumento a su memoria realizado por el escultor Luis Migliaret